O Percurso da Água é um percurso pedestre denominado de pequena rota. As respetivas marcações e sinalizações obedecem às normas internacionais. O percurso desenvolve-se na zona de influência da Área Protegida das Lagoas de Bertiandos e S. Pedro d’Arcos, permitindo a compreensão da origem e do movimento da água no espaço.

Iniciamos o percurso no Centro de Interpretação Ambiental, seguindo as indicações até à Quinta de Pentieiros - integra o projeto da Área Protegida -, que reúne equipamentos associados ao alojamento, recreio e lazer, bem como uma quinta pedagógica. Pode ser visitada por um valor simbólico. Na extensão percorrida, predominam os espaços urbanos associados a sistemas agrícolas parcelares complexos. Regressando ao percurso, seguimos em direção a Estorãos. Deparamo-nos com as serras d’Arga e Cabração - limites superiores da bacia hidrográfica do rio Estorãos. Esta bacia, com cerca de 5440ha, tem como principal linha de água o rio Estorãos. As suas caraterísticas, associadas às condições climáticas, justificam a formação de uma zona de vale sujeita a inundações periódicas, onde se localiza a Área Protegida.

Junto à Igreja de Estorãos, viramos à direita no sentido da ponte e da azenha de Estorãos. Deixamos a paisagem ribeirinha, atravessando a ponte em direção à veiga da Lousa. Nesta área agrícola existe sinalética alusiva ao regadio de Estorãos, cuja água provém de captação efetuada a montante, no rio. Na Estátua das Quatro Mãos, símbolo da união de quatro freguesias perante graves problemas de subsistência, viramos à direita, seguindo em direção à Antiga Cooperativa de Estorãos. 

Fletimos à esquerda e somos acompanhados pelo canal do regadio que transporta a água para a rega, na veiga do Sobreiro, e para a lagoa de S. Pedro d’Arcos, garantindo assim a manutenção deste biótopo no verão. Após nova passagem sobre o rio Estorãos, viramos à esquerda, por um trilho que nos leva à lagoa do Mimoso. Passamos por uma ponte em madeira onde, no inverno, a água do rio entra no ribeiro de Fujacos levando à formação de um lago temporário na Área Protegida.

A lagoa, biótopo de capital importância para a fauna, ao funcionar como zona de refúgio, alimentação e reprodução, é constituída por um corpo de água sazonal rodeada por bosques higrófilos que albergam espécies com alto valor conservacionista. As lagoas da Área Protegida, situadas em depressões naturais do terreno, são abastecidas pelas águas das chuvadas, pelo aumento do lençol freático, pelos ribeiros de Leira Longa e da Portela e pelo regadio de Estorãos.

Da lagoa do Mimoso, seguindo as indicações do percurso, dirigimo-nos para a Estrada Nacional (EN) 202, junto à qual se localiza o Solar de Bertiandos, um dos ex-libris do norte do país. Seguimos, paralelamente à EN 202, voltando a contemplar a serra d’Arga e, ao olhar em sentido contrário, vislumbramos a galeria ripícola do rio Lima, limite Sul da bacia hidrográfica do rio Estorãos. O Lima recebe as águas escoadas pelo Estorãos e pela vala do Estado, curso de água construído para drenar a lagoa de S. Pedro d’Arcos, fazendo com que a mesma saia da bacia. No final da reta, viramos à direita e seguimos as indicações até ao Centro de Interpretação Ambiental, passando pela Quinta da Lage, fundada no séc. XV.